圍填海工程環境監測程序主要包括兩個步驟：
第一步，建設期圍填海項目跟蹤監測與評價，評價建設期的生態環境影響；
第二步，建成期圍填海項目監測與評價，評價建成期對生態環境影響。具體見下圖。
 

圍填海工程環境監測的目的是針對圍填海工程項目或區域圍填海規劃，通過對由于圍填海項目的建設和所在海域所有圍填海項目建成對海洋環境產生的影響的跟蹤監測，重點了解和掌握海域內圍填海項目在其建設期和建成期對周邊海域海洋水文動力、地形地貌與沖淤環境的影響，并評估其對水質、沉積物和生態環境的影響，評價其影響范圍、影響程度及其存在的用海風險，為海域使用管理和海洋環境保護管理提出對策和建議。

圍填海工程環境監測與評價報告書內容應包括：
1、 總則：監測任務由來、項目性質、目的與意義、監測范圍、監測內容與重點、監測標準依據、評價方法和標準；
2、 工程分析：工程概況、工程建設方案、海域使用確權情況、工程性質、附屬工程布局；
3、 工程周邊海域環境概況：自然環境狀況和社會經濟狀況；
4、 工程所在海域海洋功能區劃和海洋開發利用現狀；
5、 圍填海項目環境影響跟蹤監測：監測站位布設、監測參數、監測時間和頻率、分析方法、評價方法和評價標準、歷次監測結果及綜合評價；
6、 綜合分析評價：評價項目建設期和建成期對海洋環境的影響等；
7、 對策與建議；
8、 跟蹤監測文件：工程跟蹤監測委托函、與工程有關的文件、提交的跟蹤監測文件、監測數據和報表、監測人員上崗證、儀器鑒定證書、附件、附圖、附表等。

圍填海工程環境監測，主要監測圍填海項目建設期和建成期的海洋水文動力、地形地貌與沖淤環境、水質、沉積物和生態環境狀況，從而了解和掌握圍填海項目在不同海域使用期內對海洋環境的影響范圍和影響程度，保護海洋環境。

圍填海工程環境監測的監測項目，根據工程的規模、施工工藝、海域的自然環境特征、建設期排放的污染物種類等情況并結合工程環境影響評價報告中給出的監測因子確定工程跟蹤監測的重點項目。下述監測項目可根據具體情況適當增加或減少。
水文：潮流（流速、流向)、潮位等狀況；
海洋地形地貌與沖淤環境：海洋地形地貌、海岸線、海昧、灘涂、海岸等的變化狀況，蝕淤狀況、蝕淤速率、蝕淤變化特征等，海底沉積環境等狀況；
海水： pH、水溫、鹽度、水色、透明度、懸浮物、化學需氧量、營養鹽、石油類、重金屬（根據工程特點選做）等；
沉積物：有機碳、石油類、重金屬（根據工程特點選做）等；
生物生態：葉綠素a、浮游動物、浮游植物、底棲生物、潮間帶生物、游泳生物和珍稀瀕危物種生物個體密度、物種數、質量等、定居貝類、甲殼類和魚類等生物中石油烴、重金屬的含量等；

以下是圍填海工程環境監測工作執行遵循的部分標準，僅供參考。
圍填海項目跟蹤監測與評價技術導則（征求意見稿）
GB 3097海水水質標準
GB 11607漁業水質標準
GB 12763.1 海洋調查規范總則
GB 17108海洋功能區劃技術導則
GB 17378.1 海洋監測規范第1部分:總則
HJ442近岸海域環境監測規范
GB 18421 海洋生物質量
GB 18668海洋沉積物質量
GB/T 19485海洋工程環境影響評價技術導則
GB/T 29726海灣圍填海規劃環境影響評價技術導則
HY/T 084 海灣生態監測技術規程
HY/T 085河口生態監測技術規程
HY/T 086 陸源入海排污口及其鄰近海域生態環境評價指南
HY/T 087近岸海洋生態健康評價指南